В центре сюжета сериала «Избранный» — обычный парень по имени Джей-Си, чья жизнь разительно меняется в один миг. Он работает водителем школьного автобуса на тихом острове Галана, пытаясь справиться с личной трагедией и найти свое место в мире. Однако его привычное существование рушится, когда он необъяснимым образом выживает в чудовищной авиакатастрофе, унесшей жизни многих его знакомых. Это событие привлекает внимание загадочной группы людей, которые начинают преследовать Джей-Си, считая, что он является воплощением древнего библейского пророчества. Парню приходится бежать и скрываться, пытаясь понять, почему на него объявлена охота и какую тайну скрывает его собственное прошлое, о котором он даже не подозревал. По мере развития событий Джей-Си вынужден погрузиться в мир, о существовании которого он не догадывался, мир, где сталкиваются древние тайные общества, каждое из которых имеет свой взгляд на пророчество и свою роль в грядущих событиях. Он обнаруживает, что стал центральной фигурой в многовековом конфликте между двумя могущественными группами: теми, кто верит, что он избран для великой миссии по спасению человечества, и теми, кто намерен любой ценой остановить его и предотвратить исполнение предсказания. Путь героя превращается в опасное путешествие, полное загадок, погонь и неожиданных открытий, в ходе которого ему предстоит не только раскрыть правду о своем предназначении, но и сделать невероятно трудный выбор, от которого будет зависеть судьба многих людей. Он учится доверять немногим союзникам и постоянно задается вопросом, является ли он пешкой в чужой игре или действительно тем самым Избранным, способным изменить ход истории.